Diversiteit verwijst naar de verscheidenheid aan bacteriële soorten die aanwezig zijn in het darmmicrobioom. Een hogere microbiële diversiteit wordt over het algemeen geassocieerd met een betere spijsverteringsgezondheid, immuunfunctie en veerkracht tegen ziekteverwekkers. Een lage diversiteit kan daarentegen verband houden met ontstekingen, een slechte voedingsopname en diverse chronische gezondheidsproblemen.